Действие разворачивается через год после разрушительной битвы Годзиллы с Механической Годзиллой, которая превратила значительную часть Токио в руины и оставила после себя не только материальные потери, но и нерешенные вопросы о дальнейшей судьбе города. Жители пытаются восстановить нормальную жизнь, но новое предупреждение ставит под угрозу все их планы.
